二战之后，美国队长落入了北极，冰封了七十多年，宇宙魔方落入了神盾局的口袋。
随着外界威胁越来越多，浩克、超能人、阿斯基德神域……诸多威胁出现，神盾局越发力不从心。于是，局长尼克·弗瑞重新启动了一项武器计划。
这项计划起源于二战时期九头蛇的发明，佐拉博士提取宇宙魔方的无限能源，将其转换为大规模杀伤性武器。自纳粹覆灭以后，相关科技资料被封存，直到阿拉斯加神明的出现，让神盾局认识到，人类并不是宇宙的中心，他们便展开了研究，用于应付新威胁。
然而，他不知道正是由于宇宙魔方，引来了外界的觊觎和贪婪。
洛基，雷神托尔的弟弟，冰霜巨人的后代，被流放星域过程中遇到了齐塔瑞人，以及灭霸，在得到了心灵权杖后，来到了地球。
当天晚上便控制了鹰眼以及塞尔维格博士，抢走了宇宙魔方，毁灭了神盾局的基地。
神盾局，全称国土战略防御攻击与后勤保障局，前身是战略科学军团，在第二次世界大战期间，为了对抗九头蛇军团而由同盟国联合组成。
到了新世纪，神盾局隶属于联合国世界安全理事会，虽然平时由尼克弗瑞领导，但是在遇到重大事件上，必须由五大常任理事国议员代表投票表决。
此时此刻纽约基地，神盾局指挥中心。
最高级别授权房间，神盾局长尼克·弗瑞的身影独自出现。
前方是一块巨大的显示屏幕，分别显示着议员代表，分别由中、美、俄、英、法五个世界大国组成，论起权力地位，每个人都和尼克·弗瑞相差不大，但若是聚集在一起的时候，远远超过了神盾局长的权限。
只要理事会议员意见一致，他们甚至拥有越过局长，直接对神盾局发号施令的权利。<>
即便尼克·弗瑞也不能反对。
否则，他们随时能找个借口，让这个独眼龙滚蛋，另外选一个局长上位。
幸好尼克·弗瑞的办事能力不差，身为特工头子，联合国很难选出一个能代替他位置的家伙，担任局长的职务。
不过现在这些议员集中到一起，显然是没好事，基地发生最高安全级别事件，由不得他们过问。
“你玩过火了，局长，你利用的是你掌控不了的力量。”
大屏幕中间，隶属于美国的理事会议员说道，语气铿锵有力，虽然已是耄耋之年，却有种位高权重的语气在内，一看就知道是掌握了大权的人物。
尼克·弗瑞反问道：“议员先生，你有打过仗吗？你有体会过完全失控的感觉吗？我最好的手下，让别人控制，背叛了神盾局，这不是常规的力量，你明白吗？”
另一名议员问道：“你是说，阿斯加德向我们地球宣战？”
见对方态度良好，尼克淡淡解释道：“不是阿斯加德，只是洛基！”
那个美国议员又插言道：“他不可能单干，另一个阿斯加德神呢，他的哥哥雷神态度如何？也要和我们宣战？”
尼克摇了摇头，道：“根据我们的情报，雷神托尔站在人类一方，他不是敌人，但他现在在阿斯加德神域，离我们太远了，不能指望他过来帮忙，我们人类只能依靠我们自己！”
美国议员道：“所以你更应该全力开发第二阶段，用它来消灭入侵地球的外星敌人，甚至是外星人的军队！”